O pátio da Alfândega, rodeando por nascente e sul por edifícios, favorecia os comerciantes que, de cima da muralha podiam ver as mercadorias em baixo no Cais da Alfandega, que era mais baixo e com outra configuração.
A configuração atual do pátio é alterada em finais do século XIX. O pátio é diferente e as arcadas deixaram de existir. No entanto, o cais conserva ainda dois níveis.
